截止目前（2023）年，南京双一流大学有13所，南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京邮电大学、河海大学、南京林业大学、南京信息工程大学、南京农业大学、南京医科大学、南京中医药大学、中国药科大学、南京师范大学。
南京双一流大学名单及建设学科名单
| 序号 | 省份 | 城市 | 学校名称 | 双一流学科 |
| 1 | 江苏 | 南京 | 南京大学 | 哲学、理论经济学、中国语言文学、外国语言文学、物理学、化学、天文学、大气科学、地质学、生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、矿业工程、环境科学与工程、图书情报与档案管理 |
| 2 | 江苏 | 南京 | 东南大学 | 机械工程、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、艺术学理论 |
| 3 | 江苏 | 南京 | 南京航空航天大学 | 力学、控制科学与工程、航空宇航科学与技术 |
| 4 | 江苏 | 南京 | 南京理工大学 | 兵器科学与技术 |
| 5 | 江苏 | 南京 | 南京邮电大学 | 电子科学与技术 |
| 6 | 江苏 | 南京 | 河海大学 | 水利工程、环境科学与工程 |
| 7 | 江苏 | 南京 | 南京林业大学 | 林业工程 |
| 8 | 江苏 | 南京 | 南京信息工程大学 | 大气科学 |
| 9 | 江苏 | 南京 | 南京农业大学 | 作物学、农业资源与环境 |
| 10 | 江苏 | 南京 | 南京医科大学 | 公共卫生与预防医学 |
| 11 | 江苏 | 南京 | 南京中医药大学 | 中药学 |
| 12 | 江苏 | 南京 | 中国药科大学 | 中药学 |
| 13 | 江苏 | 南京 | 南京师范大学 | 地理学 |
双一流遴选认定：
一、坚持中国特色、世界一流。落实“四个服务”要求，加强党的领导，贯彻党的教育方针，坚持社会主义办学方向，落实立德树人根本任务，坚持内涵发展，扎根中国大地办大学，积极探索世界一流大学建设的中国道路中国模式。
二、鼓励和支持高水平建设。“双一流”建设的目标是进入世界一流大学和一流学科前列或行列，是突破性工程，重在扶优扶强、引领示范，必须坚持高水平、鼓励高水平、支持高水平。
三、服务国家重大战略布局。把国家重大战略布局作为遴选“双一流”建设高校的重要因素，把“211工程”“985工程”等作为重要基础，发挥“双一流”建设对区域、行业发展的支撑带动作用。
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