蝙蝠的天敌有蛇类、蜥蜴、猛禽、猫科动物等。
1、天敌穴居蝙蝠的主要天敌主要有蛇类，蜥蜴等；树栖型（一些果蝠）的天敌还有一些猛禽和猫科动物。蝙蝠还有的天敌就是人类，如关岛大蝙蝠就是因为当地人的捕食而灭绝的。
2、食性蝙蝠类动物的食性相当广泛，有些种类喜爱花蜜、果实，有的喜欢吃鱼、青蛙、昆虫，吸食动物血液，甚至吃其他蝙蝠。一般来说，大蝙蝠类一般以果实或花蜜为食，而大多数小蝙蝠类则以捕食昆虫为主。
3、冬眠习惯蝙蝠一般都有冬眠的习性，冬眠的地方大都是在洞里，冬眠时新陈代谢的能力降低，呼吸和心跳每分钟仅有几次，血流减慢，体温降低到与环境温度相一致，但冬眠不深，在冬眠期有时还会排泄和进食，惊醒后能立即恢复正常。它们的繁殖力不高，而且有“延迟受精”的现象，即冬眠前交配时并不发生受精，精子在雌兽生殖道里过冬，至翌年春天醒眠之后，经交配的雌兽才开始排卵和受精，然后怀孕、产仔。
4、栖息环境蝙蝠居住在各类大、小山洞，古老建筑物的缝隙、天花板、隔墙以及树洞、山上岩石缝中，而一些南方食果的蝙蝠还隐藏在棕榈、芭蕉树的树叶后面。有些蝙蝠种群上千只在一起，有些蝙蝠雌雄在一起生活，有些则是雌雄分开栖息。许多栖息在树林中的蝙蝠冬季时迁徙到温暖地区，有时要飞过数千里路。温带的穴居蝙蝠一般都冬眠。蝙蝠每年只繁殖一次，在较早的温暖季节，蝙蝠生产幼仔。
蝙蝠具有长时间的飞行能力，能将身上的病毒传播到很远的地方，这也是它被称为“病毒库”的原因。
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